Independientemente de la forma en que consuman la droga, los consumidores crónicos de heroína experimentan una variedad de complicaciones médicas, entre ellas insomnio y estreñimiento. Pueden darse complicaciones pulmonares (incluidos varios tipos de neumonía y tuberculosis) derivadas de la mala salud del consumidor de la droga y de los efectos debilitantes que tiene la heroína sobre la respiración. Muchas personas experimentan trastornos mentales como depresión o el trastorno de personalidad antisocial. Con frecuencia los hombres experimentan disfunción sexual y el ciclo menstrual de las mujeres a menudo se vuelve irregular. También hay consecuencias específicas relacionadas con las diferentes vías de administración. Por ejemplo, las personas que aspiran heroína repetidamente pueden dañar los tejidos de la mucosa nasal y perforar el tabique nasal (el tejido que separa las fosas nasales).
Las consecuencias médicas del consumo crónico de heroína inyectable incluyen venas colapsadas o con cicatrices, infecciones bacterianas de los vasos sanguíneos y las válvulas cardíacas, abscesos (forúnculos) y otras infecciones de los tejidos blandos. Muchos de los aditivos de la heroína que se distribuye en la calle incluyen sustancias que no se disuelven fácilmente y obstruyen los vasos sanguíneos que llevan a los pulmones, al hígado, a los riñones o al cerebro. Esto puede causar una infección o incluso la muerte de pequeños grupos de células en órganos vitales. La respuesta inmunitaria a estos u otros contaminantes puede causar artritis u otros problemas reumatológicos.
El compartir líquidos corporales o los elementos que se utilizan para la inyección de drogas puede llevar a algunas de las consecuencias más graves del consumo de heroína: la infección con el virus de la hepatitis B o C, el VIH y una variedad de otros virus que se transmiten por la sangre, los que el consumidor de la droga puede a su vez transmitir a sus parejas sexuales y a sus hijos.